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離子阱(Ion trap)，由一對環(huán)形電極(ring electrod)和兩個呈雙曲面形的端蓋電極(end cap electrode)組成。在環(huán)形電極上加射頻電壓或再加直流電壓，上下兩個端蓋電極接地。逐漸增大射頻電壓的zui高值，離子進入不穩(wěn)定區(qū)，由端蓋極上的小孔排出。因此，當射頻電壓的zui高值逐漸增高時，質荷比從小到大的離子逐次排除并被記錄而獲得質譜圖。離子阱質譜可以很方便地進行多級質譜分析，對于物質結構的鑒定非常有用。這種由一對環(huán)電極和兩個雙曲面端電極形成的離子阱稱為三維離子阱，離子聚焦的位置是在中心的一個點上，具有比較大的空間電荷效應，常規(guī)的三維離子阱的離子存儲數(shù)目為幾千個。 為了避免空間電荷效應和簡化電極結構，后來人們使用四級桿的結構加入前后端蓋的方式開發(fā)出線型離子阱，線型離子阱的離子聚焦在一條線上面，與三維離子阱相比，增加了離子的儲存量，提高了儀器的靈敏度。線型離子阱有被稱為二位離子阱。
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